L'engorgement des sols, commun à l'histoire hydraulique agricole, nécessite le recours au drainage pour la mise en valeur des terres et le contrôle de la salinité. Mais ces situations deviennent plus rares sous l'influence de pénurie en eau croissante, et d'un recours accru à la nappe susceptible d'entraîner de nouvelles formes de dégradation des sols par sodisation ou alcalinisation. Ces impacts environnementaux sont indissociables des autres aspects de la gestion durable des systèmes irrigués comme les stratégies d'allocation des ressources en eau ou l'efficience de leur distribution. La diversité des situations peut se traduire par une iniquité dans l'accès aux ressources (en amont-aval, qualité des eaux souterraine,…). Leur prévention nécessite la mise en place de dispositifs pérennes de suivi et d'analyse (observatoire)conjoints des performances hydrauliques, agronomiques et environnementales dans les systèmes d'irrigation. La valorisation ou le recyclage de ressources en eau marginale se développent conjointement à l'utilisation massive d'intrants agricoles. Ils conduisent à de nouveaux risques de pollution des eaux tandis que l'intensification des pratiques agricoles accentue la dégradation de la fertilité des terres irriguées.